Na početku treba razdvojiti da li su uzroci opstipacije organski, što znači da je uzrokovana bolestima i anatomskim malformacijama ili su uzroci funkcionalne prirode i odnose se na ponašanje deteta, reakciju na stres i navike u ishani.

Organski uzroci opstipacije su retki kod dece i uobičajeno je da se uočavaju već u prvim mesecima života.

To mogu biti različite anomalije rektuma i anusa (posebno megakolon odn. Hirsšpringova bolest), anomalije traume i tumori kičmenog stuba i moždine (posebno lumbosakralne regije), različite vrste sniženog tonusa (cerebralna paraliza, Daunov sindrom), metaboličke i sistemske bolesti (hipotireoza, cistična fibroza, celijakija), trovanja (olovo), lekovi (fenobarbiton, antidepresivi, antiholinergici, antacidi) i alergija na kravlje mleko.

Kod 90-95 odsto dece su funkcionalni uzroci opstipacije i javljaju se u toku odvikavanja od pelena i u školskom uzrastu. Često postoji opstipacija u porodici, a kao najčešći uzrok se navodi bolna defekacija koja dovodi do promene ponašanja deteta i zadržavanja stolice u rektumu, daljeg straha od bola, tako da se pravi začarani krug i time se smanjuje nagon za defekaciju.

Roditelji takođe navode da se dete nepravilno hrani, ima smanjen unos vlakana što znači da ne uzima dovoljno svežeg voća i povrća ili da odbija neke vrste hrane. Pored toga je često da se opstipacija kod dece javlja nakon nekog stresnog događaja, da postoji pritisak okoline na odvikavanje od pelena, da ne postoje uslovi za defekaciju, npr. dete ne može da defecira u vrtiću ili školi. Takođe opstipacija može da bude posledica infekcije u toku koje dolazi do dehidratacije ili ukoliko dete ima pelenski dermatitis koji je oštetio sluznicu analnog dela.